با توجه به نوپابودن دستگاه قضا در صدر مشروطه، موانع و مشکلات متعددی بر سر راه تعمیق و توسعه آن وجود داشت. عمده مطالبات و شکایات مردم از عدلیه، از چالشها و مشکلات نظام قضایی نشأت میگرفت که دستگاه قضا خود، در آن زمان با آن درگیر بود؛ ازجمله فقدان قوانین مدون، نبود ضمانت اجرایی، نبود بودجه برای عدلیه، دخالت حاکمان و افراد صاحب نفوذ در کار قضا، ضعف عناصر عدلیه، تراکم پروندهها و مراجعان.
نظام تشکیلاتی مناسب و قوانین موضوعه از ارکان مهم در رتقوفتق امور قضایی و رسیدگی به حل مشکلات قضایی مردم است؛ ولی در زمان مشروطه عدلیه از این امکانات محروم بود. نظام قضایی در این سالها، دوره سخت آزمون و خطای خود را میگذراند؛ چون همزمان با پرداختن به مسائل و مشکلات قضایی روز مردم، از یکسو درپی ایجاد چارچوبی تشکیلاتی و ازسوی دیگر، بهدلیل نبود قوانین مدون، درپی تنظیم مقررات و دستورالعملهای ضروری بود. عدلیه همچنین تلاش میکرد قواعد و قوانینی را که تا آن زمان بهصورت موردی به محاکم ابلاغ میکرد بهصورت مدون جمعآوری کند تا از اعمال سلیقه محاکم در صدور حکم جلوگیری کند.
پس از طی این مراحل، دستگاه قضا موفق شد «قانون اصول تشکیلات عدلیه و محاضر شرعیه و احکام صلحیه » را تدوین و آن را به تاریخ ۲۱ رجب ۱۳۲۹ ق تصویب کند. این قانون جامع نبود و ناقص بهنظر میرسید؛ ولی در آن زمان برای قانونیکردن تشکیلات و محاکم اهمیت داشت. عدلیه نخستین وزارتخانه بعد از مشروطیت بود که بهصورت تشکیلاتی قانونی درآمد. این نکته را نصرتالدوله یازده سال بعد در مذاکرات مجلس، در دفاع از عدلیه و قانون مذکور بیان کرده است.
دو مولفه اجرای قانون و عدالت از خواستههای عمده مردم در زمان مشروطه محسوب میشد. با توجه به اسناد، دستکم مسوولان عالیرتبه دستگاه قضا به این دو مولفه توجه میکردند. نمونههایی از ایستادگی عدلیه دربرابر قانونگریزی و بیعدالتی در این زمان مشاهده میشود. این موضوع را میتوان در برخورد عدلیه با کارکنان متخلف خود مشاهده کرد؛ چون درصورت شکایت مردم از عناصر عدلیه و اثبات آن، متخلف از کار برکنار میشد. این اقدام، همت دستگاه قضا را در برخورد با اعضای خود برای تحقق قانون و عدالت نشان میدهد. امجدالسلطان -نفر دوم عدلیه در آن زمان- از آن دوره با نام «دوران عدالت» یاد میکند. بیشتر عریضههای مردم را وزیر یا معاون عدلیه بهترتیب سلسله مراتب اداری، پاراف میکردند و به محاکم یا اداره تفتیش، دستور رسیدگی به خواسته عارض(شاکی-خواهان) را میدادند. ممکن بود عارضان به پاسخ دلخواه خود هم نرسند، ولی این موضوع از توجه و همت مسوولان در حل مشکلات قضایی مردم حکایت دارد. آنگاه که حاجیعلی آشپز از گرفتن ۲۳ قران توسط عدلیه، از عدلیه دادخواهی میکند، امجدالسلطان خطاب به اداره تفتیش، خواستار تحقیق دراینباره میشود و بهصراحت اعلام میکند: «هرگاه برخلاف قانون جاریه اقدامی کردند، اطلاع بدهید که مواخذه شو[ن]د.»
دستگاه قضا مشکلاتی در مواجهه با کانونهای سنتی قدرت داشت، ولی بااینحال تلاش آن برای ایجاد عدالت و قانونگرایی بدون توجه به جایگاه اجتماعی افراد، دیده میشود. اجرایی شدن حکم برای گرفتن طلب استاد ابوالقاسم بنا از شاهزاده محمدکاظم میرزا و حاجی مجدالدوله از اشراف وابسته به خاندان قاجار، محکومیت محمدعلی خان قاجار به حبس و پیگیری شکایت اداره مدعیالعموم از ملکه ایران نمونههایی از تلاش دستگاه قضا برای ایجاد عدالت است. مواردی نیز از اهتمام عدلیه برای تسری بخشیدن قانون و الزام اشراف و صاحبان قدرت به رعایت آن را در میان اسناد و منابع این دوره میتوان مشاهده کرد. در شکایت محترمالسلطنه از برادرش شاهزاده معتصمالدوله درباره مطالبه ارثیه از همدان، آنگاه که شاهزاده بهرسم دیرین میگوید: «کارگزاران حکومت فخیمه ولایات ثلاثه، حکم به حقانیت» وی دادهاند، عدلیه در پاسخ میگوید: «مدتی است صدور اینگونه احکام، موجب الزام طرف نخواهد شد» و تاکید میکند: «گفتوگوی عموم طبقات مردم از بابت دعاوی حقوق در دیوان عدالت عظمی، تسویه و قطع میشود، در انتها نیز از شاهزاده میخواهد که خودش یا وکیلش برای رسیدگی و ختم پرونده در عدلیه حضور یابند.
صدرالاشراف رئیس استیناف عدلیه در خاطرات خود مینویسد که در محاکمات میان اشراف و شاهزادگان و وابستگان به حکومت، مسلک سیاسی افراد بیتاثیر نبود: «اگر یک نفر دموکرات با یکی از مستبدان، محاکمه داشت غالبا مستبد محکوم میشد»؛ بااینحال او تاکید میکند: مناسبات مسلکی در اداره استیناف و تمیز، کمتر تاثیر داشت. او درباره مناقشه میان محمدباقرخان کرونیاصفهانی و وارثان ظلالسلطان آورده است که حکم در دادگاه بدایت به نفع محمدباقر صادر شد، ولی در زمان رسیدگی در دادگاه استیناف «صمصامالسلطنه بختیاری، رئیسالوزراء، دعوی مدعی را به مبلغی خرید و او به تصور اینکه بهواسطه نفوذ و قدرت، میتواند از پیش ببرد، طرف محاکمه واقع شد و پیغامهای تهدیدآمیز به من داد. من اعتنا نکردم و بعد از رسیدگی، محکمه حکم بر بطلان دعوی مدعی صادر کرد.»
نمونه دیگر در اهتمام دستگاه قضا برای رعایت قانون و تسری عدالت، اختلاف قضایی میان منشورالسلطنه و معزالسلطنه، نامادری احمدشاه است که مکاتبات آن در میان اسناد موجود است. این قضیه را نیز صدرالاشراف در خاطراتش به این شرح آورده است: در دادگاه بدوی، حکم به نفع معزالسلطنه صادر میشود، ولی منشورالسلطنه از آن حکم، استیناف میخواهد. دادگاه استیناف نیز چون محکمه بدایت در تشخیص اقرار از منشورالسلطنه اشتباه کرده بود، عرضحال استینافی را قبول میکند و قرار رسیدگی میگذارد. معزالسلطنه نیز بهواسطه اینکه حکم بدایت قابل شکایت استینافی نیست آن را برخلاف قانون میداند. در مکاتبهای فخرالاسلام، وکیل معزالسلطنه، این امر را ناعدالتی و ظلم دانسته است: «…چرا قانون را ملاحظه نمیفرمایید. اجزای سلطنتی اگر برخلاف قانون رفتار نمایند، خواهید گفت: «ظلم است.» قانون را هم که در حق ایشان ملاحظه نمیفرمایید، با اینحال تکلیف چیست؟ تصور فرمایید که موکله حقیر، هیچ خدمتی به سلطنت نکرده و از مستخدمین و مستحفظین وجود مقدس سلطان نبوده و الان هم مشغول خدمت و مواظبت نیست؛ اینها را ابدا منظور نفرمایید. یک نفر بنده خدا و رعیت مظلوم ایرانی است؛ آیا اینگونه ظلم در حق یک نفر رعیت فقیر و مخلوق مسلمان ایرانی رواست.» معزالسلطنه نیز به احمدشاه شکایت میکند. شاه ضمن دستخطی، دستور مواخذه رئیس استیناف و رد درخواست را میدهد. رئیس استیناف نیز با قاطعیت جواب میدهد: «در قوانین محاکمات، دستخط شاه از دلایل محاکمه منظور نشده است.» این پاسخ صدرالاشراف، غوغایی برپا میکند و سبب میشود شاه متغیر شود و دستور دهد: «در هیات وزرا شور کنید که تغییری در اوضاع عدلیه داده شود و روسای محاکم اینطور جرات و جسارت نکنند.» ولی این امر بهواسطه طرفداری افراد قدرتمند از صدرالاشراف مشکلی برای او ایجاد نمیکند: «تغیر شاه و رئیس دولت، وهنی برای من تولید نکرد، چه طرفداران من قوی بودند.»
دستگاه قضا برای بهکارگیری نیروی انسانی، اقداماتی ازجمله برگزاری امتحان استخدامی انجام میدهد تا عناصری کارآمد و باسواد را جذب کند. حتی به همین خاطر مدتی عدلیه مرکزی تعطیل شد. این اقدام، سبب مشکلاتی برای متقاضیان استخدام شد؛ ولی در آن شرایط که نیروی انسانی، بدون ضابطه و به توصیه افراد به دستگاه عدلیه راه مییافت، این اقدام گام مهمی در پالایش افراد برای جذب عناصر کارآمد محسوب میشد. ویلم فلور تمامی کارکنان عدلیه را فاسد و ناکارآمد معرفی میکند. در حالی که همه آنان این گونه نبودند. در اسناد نیز از عبارت «برخی» استفاده شده است. محمدیوسف تبریزی که خود را مدافع عدالت و حریت معرفی میکند، کارکنان عدلیه را از نظر خود به دو گروه خوب و بد تقسیم میکند و به این موضوع قائل است که بخشی از اعضای عدلیه درستکار، متدین و عالم هستند. در مکاتبهای، صدرالاشراف و آقاشیخهادی در شعبه اول جزا و حاج آقا نورالدین در شعبه دوم جزا، قضات خوب عدلیه معرفی شدهاند؛ ولی بههرحال افراد ناکارآمد و ناشایست این مجموعه، بیشتر برجسته میشدند و باعث تشویش اذهان مردم درباره نظام قضا میشدند.
از مشکلات مهم دستگاه قضا نبود بودجه کافی برای اداره عدلیه بود؛ در اسناد هم زیاد به این موضوع اشاره شده است. نبود بودجه کافی دستگاه قضا را در گسترش عدلیه در سایر مناطق کشور و پرداخت حقوق کارکنان دچار مشکل میکرد. عریضهها و گزارشهایی از وضعیت نامطلوب کارکنان مشاهده میشود. حتی در عدلیه همدان کارکنان بهعلت نرسیدن حقوق، مجبور به استعفا شدند.
گاه کارگزاران برای هزینه تاسیس عدلیه در شهرها، مجبور به گرفتن قرض از افراد، بهویژه از تجار شهر، میشدند و به سبب ناتوانی در بازپرداخت بدهی، دچار مشکل میشدند. ازجمله در سبزوار، رئیس عدلیه از تجار آنجا برای راهاندازی عدلیه قرض میگیرد. یا امجدالملک- رئیس پیشین عدلیه سمنان- در زمان راهاندازی عدلیه مبلغ ۱۵۰ تومان قرض میگیرد و در دوره تصدی، موفق به پرداخت بدهی نمیشود. شرایط نابسامان معیشتی کارکنان و نبود بودجه مناسب برای عدلیه، بیعدالتی را توجیه نمیکند؛ ولی سبب رونق بازار رشوه و جانبداری و اجرانکردن عدالت میشد. ناظمالاسلام کرمانی هم، گرفتن رشوه و هدیه در ادارات و محاکم قضایی را ناشی از نبود بودجه «مقرر و مرتب» میداند.
مشکلات مربوط به بودجه، دستگاه قضا را در بسط و گسترش به سایر مناطق کشور دچار مشکل میکرد. علاوه بر این با استناد به اسناد، وجود عناصر قدرتمندِ مستبد در شهرها نیز مانعی دیگر در ایجاد عدلیه بود. ازجمله میتوان به گزارشی از نهاوند دراینخصوص اشاره کرد. گاهی نیز اشرار، عدلیه شهرها را غارت میکردند و بهاجبار، عدلیه باید دوباره راهاندازی میشد. با توجه به اسناد، ایجاد عدلیه و گسترش آن طبق شیوه جدید در تمامی ولایات، و تقویت کارکرد محلی آن از اقدامات دولت بوده است.
با توجه به مکاتبات اداری، بهنظر میرسد عدلیه در تمام ایالات و ولایات تا اوایل سال ۱۳۲۸ ق تاسیس شده است. در سندی که گزارش ارسال صورت قوانین در آن آمده، نام ایالات و ولایات دارای عدلیه هم ذکر شده است: از ایالات: گیلان، مازندران، خراسان، اصفهان، کرمانشاهان، همدان، آذربایجان، عراق، فارس، کرمان و از ولایات: کاشان، ملایر، تویسرکان، کمره، گلپایگان، خوانسار، بروجرد، کردستان، قزوین، نیشابور، قم، یزد، خمسه(زنجان)، سبزوار، استرآباد(گرگان)، ورامین. طبق این فهرست سه ولایت سمنان، شاهرود و قاینات دیرتر از سایر ولایات، دارای شعبه عدلیه شدند. عدلیه مرکزی برای نظارت و بازرسی بر محاکم سایر شهرها برنامه داشت. درحالیکه هنوز تشکیلات دستگاه قضا نوپا بود، این اقدام دستگاه قضا گام مهمی محسوب میشد.